执业药师是不可以转南京户口的。

执业药师证是全国通用的，不用随户口迁，在全国任何地方用到当地药监局注册就行了。
目前南京政策是：购买60平米以上可以迁移一家三口，超过一定面积可以多带几个人，主要房屋落定伱的户口就可以转到南京。